«Это одна из самых-самых передовых профессий» — биоинформатик и популяризатор генетики Анна Иванова

Мы запускаем рубрику «Будущее не за горами», в которой будем общаться с учеными из Армении и остановившимися здесь специалистами из других стран — с людьми, чьи знания делают мир лучше.

Первым нашим героем стала Анна Иванова — биоинформатик и Data Scientist. Она работает на стыке между информатикой, математикой, биологией и медициной.

Переехав из России, она успевает собирать и анализировать данные для биомедицинских компаний, которые создают лекарства и ищут новые методы лечения, а также читать лекции о цветных кошках, писать книги о ГМО, спасать бездомных животных и даже ходить в зоопарк.

У Анны есть тематический блог Lab Mouse, который она ведет с 2016 года: в Instagram 15,5 тысяч подписчиков, в Telegram 1,7 тысяч. В нем она она отвечает с разных сторон на вопросы науки и общества в контексте науки.

Мы пообщались с ней о профессии биоинформатика, популяризации генетики и любви к Еревану.

Ты биоинформатик. Что это такое?
 
— Биоинформатика — это такой мостик между тем, что мы знаем о биологии, и тем, как мы можем объяснить это компьютеру. И я занимаюсь тем, что пытаюсь биологические задачи перевести на язык компьютера и при помощи него эти задачи решить.

Мы работаем на кластерах: используем терабайты информации, терабайты оперативной памяти, чтобы задачи наши считались и выполнялись, потому что количество данных, которое на сегодня существует, гигантское и занимает петабайты.

Но во многом я себя сейчас называю скорее не столько биоинформатиком, сколько коммуникатором — перевожу с языка ученых на язык технических специалистов. Это является одной из составляющих моей профессии.

Кроме того, я занимаюсь применением методов машинного обучения — это часть сферы искусственного интеллекта — для задач геномики. И популяризацией науки — генетики, биоинформатики. Читаю лекции и веду блог.

Как ты стала биоинформатиком? Профессия не самая обычная, при этом очень современная — интересен твой путь сюда. 

— Этот путь очень смешной и внезапный. Дело в том, что я окончила свой первый университет в 2010 году по специальности «Математическое обеспечение и администрирование информационных систем».

По первому диплому я математик-программист, но основная специальность готовила меня быть не столько программистом и математиком, сколько системным администратором. Первые почти 10 лет своей профессиональной жизни еще со второго курса университета я чинила разную электронику, настраивала сервера, прокладывала сети, обеспечивала работу пользователей.

А в 2015 году я поняла, что в провинции с должностью системного администра, и если ты девушка, что-то дальше сложно делать, и я попробовала поискать, что я могу еще, то есть, возможно, куда-то переквалифицироваться. И в этот момент я вспомнила про профессиональную линию, которая в моей жизни не состоялась вследствие трагических обстоятельств.

В 2008 году еще в первом университете я начинала заниматься кубами данных — это многомерные базы данных и анализ их. Но моего первого научного руководителя жестоко убил студент — заменить в региональном вузе его было некем. Никто больше не специализировался в этой теме даже близко, и мне пришлось тогда на время свернуть в сторону и заниматься написанием алгоритмов для распараллеливания сложных вычислений.

Но после долгой борьбы с кафедрой я все-таки настояла на своем и вернулась к тому, чтобы заниматься тогда еще зарождающейся штукой, которая чуть позже выросла и стала называться Data Science. Это 2009-2010 год, а бум Data Science начнется только через пару лет. И я занималась построением предсказательных систем для одной из госорганизаций, где, насколько я знаю, мои модули работают в нескольких регионах России до сих пор. 

В 2015 году я вспомнила свою незавершенную историю любви с наукой о данных, с предсказательными системами, с машинным обучением, и я начала потихоньку мониторить возможности дополнительного обучения, магистратуры или чего-то такого. На тот момент уже было очень распространено онлайн-обучение. И была уже такая профессия, как Data Science — очень высокий запрос на специалистов.

Но надо понимать, что никогда ни в какую биологию, химию я не хотела. И, более того, вся моя семья связана очень глубоко с медициной на много поколений вглубь и вширь, и я с детства говорила, что я не буду иметь никогда никакого отношения к медицине.

В 2016 году я все еще работаю системным администратором и потихоньку пытаюсь куда-то срулить с должности, которая уже в тот момент стала совсем тупиковой ветвью. И я захожу как-то в свой электронный почтовый ящик и вижу в нем баннер — на нем написано, что мы приглашаем на обучение в магистратуру по Data Science. И там что-то еще, что на баннер не влезло. И я почему-то щелкнула по этому баннеру, перешла в группу во «ВКонтакте», мгновенно списалась с ее администратором.

Мы договорились о том, что у меня будет собеседование в эту магистратуру. И только после этого я дочитала название специальности, на которую я только что договорилась — полное название специальности звучит как «Data Science и биоинформатика». И слово «биоинформатика» мне не сказало ничего, абсолютно ничего. Я подумала, что приеду в Томск из моего Кемерово, чтобы пройти собеседование в магистратуру, а я даже не знаю, какое второе слово в названии этой специальности.

Я полезла в «Википедию» — она мне что-то ответила, но я ничего из этого ответа не поняла. И я пошла дальше искать. Наткнулась на YouTube на видеоролики с рассказом об этой профессии. Тогда было очень много видеороликов от Михаила Сергеевича Гельфанда — впоследствии мы познакомились с ним лично. 

Я понимала, что ничего не знаю ни в химии, ни в биологии, но, на эту специальность хотела поступить — думала, что я возьму оттуда только нужные мне вещи по Data Science. Впоследствии выяснилось, что в Томске совершенно потрясающие преподаватели, которые как раз были по предметам «Биотехнология», «Органическая химия» и прочим. Они были настолько прекрасны, что вместе с ними я полюбила те штуки, которые они рассказывали, и начала ими интересоваться гораздо больше, чем требовалось.

И уже на первом курсе магистратуры я вписалась в несколько научных проектов. Мы сделали первую работу по предсказанию раковых полипов по видеозаписи процедуры эндоскопии — совместно с Arizona State University. Не знаю, насколько сейчас все эти связи поддерживаются между вузами, но тогда были.

С этого момента я начала увлекаться биологической тематикой, медициной. Я окончила магистратуру с красным дипломом, и уже на первом курсе я вышла на работу как Junior Data Analyst — младший аналитик данных — в небольшую британскую компанию с офисом в Томске.

Так начался мой второй карьерный путь. С 2016 года я занимаюсь исключительно аналитикой данных, Data Science, Data Engineering, машинным обучением — прилагаю все эти технологии к медицинским и биологическим задачам.

Где ты работаешь и какие именно исследования ты делаешь?  

— Когда меня спрашивают, где я работаю, я отвечаю так: «Представьте, что по всему миру есть лаборатории, институты, частные компании, которые изобретают новые лекарства или придумывают новые типы лечения. И мы занимаемся тем, что обеспечиваем технические решения для всех этих компаний. Мы можем создать для них базы данных, проанализировать их собственные данные, построить различные системы искусственного интеллекта, которые будут помогать извлекать смыслы из них».

В общем, различное IT-обеспечение для работы биомедицинских компаний по всему миру. У нас достаточно крупная компания: она расположена в нескольких странах, один из ее офисов находится в Ереване, где, собственно, я и работаю.
 
Помимо основной работы я занимаюсь параллельно научной деятельностью. В пандемию ковида мы сделали пару статей. Например, мы исследовали наборы имеющихся противовирусных препаратов, которые могли бы быть потенциальным лекарством от коронавируса: строили компьютерное моделирование взаимодействия этих известных противовирусных препаратов. Речь идет не о каких-то «Арбидолах» и так далее, а о настоящих противовирусных препаратах.

В другой мы исследовали несколько сотен тысяч собранных со всего мира геномов коронавируса и пытались установить его наиболее консервативные части, которые меньше всего в вирусе мутируют. Небольшое пояснение, почему они медленнее всего мутируют: не потому, что они какие-то особенные и защищенные от мутирования — нет, дело не в этом. Дело в том, что эти части генома, как правило, настолько важны, что любое изменение в них может привести к тому, что вирус будет недееспособен — не будет заражать, распространяться. И мы исследовали этот огромный набор геномов коронавируса, чтобы понять, как именно он мутирует, какие его части в геноме мутируют медленнее всего — очень важно на такие вопросы отвечать, потому что с их помощью мы выбираем регионы, на которые следовало бы нацеливать разработку лекарств. Наши предсказания потом подтвердились другими научными работами.

Как думаешь, какие перспективы у твоей профессии? И какие проблемы человечества она сможет решить?

— Я считаю, что в современном мире это одна из самых интереснейших специальностей — без какой-то скромности, я абсолютно честно так считаю. Если XX век называли веком физики, то XXI называют веком геномики.

Но геномика сама по себе — это про сбор данных. Сейчас у нас и так в различных базах данных лежит гигантское количество биологической, генетической информации, и только биоинформатик может помочь обработать их. Потому что данные то лежат, а вот полезная информация из них извлечена далеко еще не вся.

Например, биоинформатика позволяет во много раз быстрее разрабатывать новые лекарства. Находить генетические причины заболеваний. Она позволяет вместе соединять те вещи, которые соединить как-то по-другому очень-очень сложно, и благодаря соединению этих вещей получать ответы на сложные вопросы.

Еще биоинформатика позволяет нам сократить использование лабораторных животных и исследования на людях. Не убрать полностью — это очень большая тема, про которую можно говорить очень долго и отдельно. К сожалению, на текущем этапе развития нашей биологии и медицины мы все еще не можем полностью отказаться от исследований на животных, но уже сегодня способны во много раз сократить их количество.

Я понимаю, что передний край науки — это работа в биотехнологических лабораториях, молекулярно-биологических, генетических, но все это абсолютно невозможно без биоинформатики. И считаю, что это одна из самых-самых передовых профессий, которую только можно придумать. И недостаток в таких специалистах испытывает вся индустрия.

У тебя есть блог в Telegram и Instagram и довольно популярный. Как он зародился?

— Блог мой начался в 2016 году, когда я только начала учиться. Одна моя очень старая интернет-знакомая опубликовала пост, в котором писала, что, дословно: «Еда должна быть здоровая, не нужны нам всякие E-шки и ГМО-шки». И меня тогда эта фраза настолько зацепила, как говорят «в интернете кто-то неправ». И я начала с ней разговаривать: «Почему ты так относишься к ГМО?». И я поняла, что человек совершенно не понимает, как это все устроено. Я попыталась ей что-то объяснять, и из этого диалога у меня родилась не какая-то агрессия, не «вот они все тупые», а желание, наоборот, как-то об этом рассказать.

Я напоминаю, это 2016 — ни в каком Instagram почти никто не пытался продвигать науку — это была исключительно соцсеть для выкладывания фотографий еды и котиков. Я поняла, что могу бесконечно, конечно, ругаться на таких людей, которые не понимают, как устроены ГМО, вместо того, чтобы просто взять и объяснить, как это работает. Я написала свой первый пост, тогда еще в личном блоге, о том, что такое ГМО.

Сейчас мне очень смешно открывать тот текст. Я понимаю, насколько он неструктурированный, смешной, обрывчатый,  и насколько по-другому я сейчас подаю информацию людям. Но с него начался взаимный интерес: я сама изучала все эти молекулярные штуки, опираясь на то, что я лезу глубже, чем нам дают на учебе, чтобы написать что-то в блог. А, в свою очередь, люди оставляли мне заковыристые комментарии с вопросами — я дальше лезла глубже узнавать, и это позволило мне лучше учиться по предметам, которые преподают в вузе. И получилось такое замкнутое кольцо: блог делает лучше мою учебу, а моя учеба делает интереснее и глубже мой блог.

А лекции когда вошли в твою жизнь?

Я читала их в России, начиная с 2014 года: читала лекции в школах как профориентацию, про устройство интернета, системное администрирование, программирование — про штуки, в которых разбиралась на тот момент.

Потом перешла в научно-популярные лекции: я читаю детям в школах как профориентацию, что такое биоинформатика, с чем биоинформатики работают. Я выступаю на различных школах углубленного изучения чего-либо, школах для олимпиадников. На таких мероприятиях мне очень нравится работать с аудиторией, с людьми, и рассказывать им это все — я получаю гораздо больше отдачи от лекций, чем трачу сил.

И больше всего я люблю работать с подростками, очень люблю, когда они приходят ко мне на взрослые лекции. Они всегда задают самые шикарные вопросы, самые интересные, иногда самые глубокие, и я часто на такие лекции приношу какие-нибудь подарки, которые я хочу подарить за самый классный вопрос. И неизменно подарки уходят подросткам или детям — не потому, что это такая поблажка, а потому что они, как правило, задают действительно свежие вопросы. А еще очень люблю вручать подарок за вопрос, на который я либо не знаю ответ, либо дать его не очень просто.

Взрослые же задают более распространенные вопросы, которые я слышала уже много раз в блоге, на других лекциях.

В продолжение начатой тобой темы популяризации науки, мне интересно, на какие темы ты рассказываешь, какая это область науки? 

— Самое популярное, что меня вечно просят рассказать, это ГМО, но мне скучно рассказывать очевидные штуки: что не надо их бояться, что от этого не вырастут рога. Я рассказываю о ГМО в необычных разрезах, например, про ГМО животных, которые используют в науке и в медицине, или у меня есть лекция про ГМО-еду будущего. Это не про стандартные вещи из серии, как делается ГМО-соя. Я рассказываю более нестандартные истории: про космический салат, про помидоры, которые регулируют человеческое давление. 

Дальше моя научная тема — это работа с древней ДНК. Кстати, с этой темой я выступала на форуме «Ученые против мифов», рассказывала, почему невозможна такая история, как «Парк юрского периода». Когда ты начинаешь рассказывать людям про древнюю ДНК, неизменно возникают вопросы, кого из них мы сможем вернуть, поэтому из этого родился другой блок лекций, который я читаю.

Это блок о технологиях возрождения вымерших видов и сохранения вымирающих. Довольно популярная лекция — ее часто просят. Там я рассказываю про штуки вроде того, как клонированные собаки служат в южнокорейской полиции, как из овечки Долли связали свитер, и почему, на самом деле, она не была злая и не умерла молодой.

И еще лекции по теме воскрешения вымерших видов, во многом про экологию, про ту среду, в которой мы живем. А мы с вами сейчас находимся в шестой волне массового вымирания — это очень важная штука. И я стараюсь о ней говорить как можно больше, в том числе я приглашаю своих читателей гулять со мной по ереванскому зоопарку. Ереванский зоопарк совершенно прекрасен, я его очень люблю — мы ходим смотрим на животных и в процессе этой прогулки разговариваем о том, как современные технологии позволяют нам заботиться о них, возрождать некоторые виды, сохранять, решать проблемы с генетическим разнообразием. Я рассказываю про замороженный зоопарк, бэкап планеты, как и по какой технологии мы планируем увидеть мамонта уже через несколько лет, почему мы никогда не увидим динозавра, а если увидим, то как именно его будут изготавливать.

Я никогда не читаю одну и ту же лекцию. По сути каждое выступление подстраивается под ту аудиторию, с которой я работаю — под настроение, количество человек, запросы — и каждый раз немножко говорим о разном. Это может быть одна и та же лекция, на которой у меня был человек полгода назад, но он услышит для себя много нового, потому что мне самой интересны те вещи, про которые я говорю, постоянно актуализирую то, что знаю, добавляю, расширяю. Иногда расширяю до того, что одна старая лекция превращается в три новых по трем разным темам.

И среди такого, например, сейчас у меня есть лекция про генетику пола и генетику полового поведения. На самом деле, все устроено не так просто, как нас учат учебники биологи, когда есть XY мальчики и XX девочки. Все устроено намного сложнее, интереснее, и это, на самом деле, гораздо распространеннее, чем люди привыкли думать: многие просто не знают некоторых своих интересных особенностей.

Около 60–80 лекций — за время популяризации биоинформатики и генетики. Это не считая блока лекций, которые я делаю внутри компании. Я также делаю профессиональные лекции, более узко специализированные, про более научные штуки, иногда более технические в зависимости от того, для кого я делаю. Я читала в американском университете, например, для студентов.

И это примерное число, потому что иногда какие-то лекции — больше встречи с читателями. Вот недавно была очень интересная — мы смотрели фильм «Заражение» 2011 года, который точно показывает многие моменты, которые мы смогли воочию увидеть в разгар пандемии COVID-19. И после устроили спонтанную лекцию — разговаривали с людьми, почему те или иные события фильма так точно предсказали текущую пандемию, как это связано с биологией, почему ученые заранее мониторят летучих мышей и знали, что какие-то угрозы мы будем иметь как раз от них.

Где в Армении тебе удавалось выступить? В каких местах? И какая аудитория на них приходила? Это каждый раз новая или это уже сформировавшееся вокруг тебя комьюнити?

— Изначально это были мои читатели, которые начали приходить на лекции, а потом это все росло: они рассказывали другим, приходили коллеги, потом коллеги звали своих друзей, товарищей и так далее.

И костяк, который перемещается со мной на разные лекционные площадки, он, наверно, более-менее один и тот же. Но я всегда безумно радуюсь видеть новые лица, особенно сильно я радуюсь, когда появляются на лекциях местные. И зимой был пик, когда на лекции приходили активно жители Армении — это было для меня самое классное.

В Армении очень хорошая популяризация истории, различных тем, связанных с искусством, с архитектурой — все, что мы так любим, ценим в Армении. Были довольно популярные лекции про литературу, но мне не доводилось видеть, что существуют какие-то проекты, которые популяризировали бы естественные науки, и, наверно, это все началось с первой волны релокации.

Первые месяцы людям было, конечно, не до всего этого. И людей на такие лекции приходило очень-очень мало, а потом к сентябрю-октябрю все раскачалось, и часто аудитории стали заполнены под завязку. На моих лекциях часто было так, что людям было негде сидеть, потому что они приходили сверх забронированного: стояли в проходах, сидели на пианино, на полу. Это было очень круто. Такие встречи меня заряжают всегда больше всего. А где читать лекции, мне совершенно непринципиально.

Я очень люблю, когда меня зовут на новые площадки, причем чем более неожиданное место, тем для меня лучше. Это позволяет как раз захватить новую аудиторию, поэтому, например, прочесть лекцию на каком-нибудь мероприятии в защиту или в поддержку бездомных животных — это всегда для меня самое интересное. Помогаю животным, потому что лекции у меня благотворительные. У меня, кстати, есть такая лекция, называется она «Как раскрасить кошку» — я читаю ее с живыми котами. Как правило, пушистиков привозит приют, с которым мы делаем эту лекцию. И я прям на них объясняю генетику человека, но на человеке ее не видно так, а кошки такие чудесные генетические атласы, что на них можно увидеть генетику, в том числе человека.

А что можешь сказать про саму Армению? Нравится тебе здесь?

— Скажем так, это точно не конечная точка нашего путешествия, но сейчас и здесь мы живем сейчас и здесь. Мы не думаем, что куда-то мы однажды переедем и там будет хорошо, а здесь сейчас надо перетерпеть и переждать. У нас нет такого подхода. Мы вместе с мужем учим язык, ходим на занятия по изучению армянского. Мы очень сильно встроились в Ереван: мы стали неизменной частью этого города, а он стал большой частью нас при всех плюсах, минусах.

Я воспринимаю Армению как нечто для себя очень важное. Я пытаюсь где-то приложить свои силы, чтобы сделать ее лучше, как ты всегда стараешься сделать лучше свой дом. Я не готова сказать, что Армения мой дом — это было бы нечестно. Но, по крайней мере, я отношусь к ней как к квартире на долгосрочном съеме — бережно. Пытаюсь что-то подремонтировать, где я могу, пытаюсь где-то приложить усилия — прежде всего, чтобы мне самой было здесь комфортно.

У меня очень специфическое понимание комфорта, например, мне тяжело, если я вижу на улице бездомное животное, которое пострадало, и я ничего не могу с этим сделать. Поэтому для меня очень важным является то, что в эту систему работы с животными я довольно хорошо встроена в Армении. Я работаю с клиниками, с приютами, помогаю финансово. И одновременно понимаю, что эти приюты стоят за моей спиной, и в случае опасности для какого-то животного я могу к ним обратиться. Вот такое странное понимание комфорта.

Я участвую здесь в важных мероприятиях вроде уборок. Я очень люблю Ереван сам по себе. Если говорить про то, как я отношусь к Еревану, то, наверно, как к любимому платью. Это значит, что оно может быть где-то с пятнышком от вишневого сока, где-то слегка его продрала любимая собака, но при этом оно настолько комфортное и удобное, что ты неизменно будешь таскать его, не заменяя на отглаженный рабочий костюм.

Вот, для меня Армения, точнее сам Ереван, как вот это уютное, севшее ровно мне по размеру, платье. Я люблю его с его красотами и его недостатками. Как-то так. Но это не значит, что я буду ходить в грязном платье — это значит, что я постираю его, когда потребуется, бережно положу на стул, когда приду с прогулки.

В июне ты презентовала книгу «Как ГМО спасают планету». Расскажешь о ней?

— Эта книга посвящена не столько самому ГМО, сколько истории того, почему мы его боимся. Это книга-расследование.

В первой части я отвечаю на вопрос: что такое вообще ГМО, и почему мы живем с этим каждый наш день, почему мы, на самом деле, сталкиваемся с этим каждую минуту нашей жизни, но не придаем этому значения, а боимся чего-то абстрактного.

А вторая часть книги основная, посвящена расследованию, как с момента 90-х, когда на полках магазинов стояли продукты, в частности томатная паста, на которой был написан рекламный слоган, что сделано с помощью генной инженерии, мы оказались в точке, где люди выходят на митинги против ГМО и безумно боятся любого нового, что создано в этой сфере. Как мы проделали путь из точки А в точку Б: кто был заинтересован в том, чтобы мы здесь оказались, какие конкретно люди в этом заинтересованы.

Вот такое расследование, благодаря которому, я надеюсь, для многих людей станет понятно, что отношение к ГМО — это в большей степени политика и деньги, чем наука.

Заказать книгу в Армении можно на Wildberries. Цена 726 рублей или 3 390 драм.

_{Фото: архив Анны Ивановой}